Das IOW ist eine außeruniversitäre Forschungseinrichtung, die sich der interdisziplinären Meeresforschung in Küsten- und Randmeeren widmet. Der Schwerpunkt der Arbeiten liegt in der Erforschung des Ökosystems der Ostsee. Das IOW gliedert sich in die fünf Abteilungen Physikalische Ozeanographie, Meereschemie, Biologische Meereskunde, Marine Geowissenschaften und Meeresbeobachtung. Die Forschung leitet sich ab aus dem zehnjährigen Forschungsprogramm „Perspektiven der Küstenmeere" mit drei interdisziplinären Forschungsbereichen.
