Das IOW gliedert sich in die fünf Abteilungen Physikalische Ozeanographie, Meereschemie, Biologische Meereskunde, Marine Geowissenschaften und Meeresbeobachtung. Die Forschung leitet sich ab aus dem zehnjährigen Forschungsprogramm „Perspektiven der Küstenmeere" mit drei interdisziplinären Forschungsbereichen.

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