Dr. Soeren Ahmerkamp

Ich leite die neu gegründete Arbeitsgruppe Physikalische Mikrobiologie, die an der Schnittstelle von Biophysik, Mikrobiologie und Biogeochemie arbeitet. Unser Ziel ist es, die Mechanismen zu verstehen, die Kohlenstoff- und Nährstofftransformationen in marinen Systemen steuern, insbesondere dort, wo physikalische Transportprozesse auf mikrobielle Aktivität treffen.

Dabei verfolge wir einen integrativen Ansatz, der Modellierung, Beobachtung und Experiment eng miteinander verknüpft: von numerischen Simulationen (z. B. Large-Eddy-Simulationen, Transport-Reaktions-Modelle und poröse Medien), über in situ Beobachtungen mit selbst entwickelten Plattformen wie dem benthischen Observatorium LanceALot und dem STB Lander, bis hin zu kontrollierten Laborexperimenten in Durchflussreaktoren und mikrofluidischen Systemen.

Diese Kombination ermöglicht es uns, Prozesse mechanistisch zu entschlüsseln und gleichzeitig ihre Bedeutung für natürliche Systeme zu quantifizieren, mit dem Ziel, ein konsistentes Verständnis darüber zu entwickeln, wie physikalische und mikrobielle Dynamiken gemeinsam biogeochemische Kreisläufe formen.

Mei­ne Haupt­for­schungs­gebiete sind, C- und N-Kreislauf in/an:

• Sandigen Sedimenten
• Seegras
• Riffbildenden Korallen
• Marinen Aggregaten
• Stränden und Küstengewässern

Meine Forschungsgebiete sind Teil des Projektes: Flachwasserprozesse und deren Relevanz für die gesamte Ostsee sowie des IOW Forschungsprogramms 2024-2033 Perspektiven der Küstenmeere. Ein großer Teil unserer Forschung findet im Reallabor Nienhagen statt.

Ich leite zusammen mit Klaus Koren (Universität Aarhus) und Lars Behrendt (Uppsala Universität) das von Novo Nordisk geförderte Projekt MATIC: Multiscale Approach on Coral Resilience.

Publikationen

h-index: 27, i-10 index: 30, Link to Google Scholar

Selected publications (only lead / corresponding authorships):

Jalaluddin, F. M., Ahmerkamp, S., Marchant, H. K., Meyer, V., Koren, K., & Kuypers, M. M.. Microenvironments on individual sand grains enhance nitrogen loss in coastal sediments. Scientific Reports, 15(1), 16384. (2025)

Ahmerkamp, S., Cesar Pacherres, Mare Mosshammer, Mathilde Godefroid, Michael Wind-Hansen, Marcel Kuypers, Klaus Koren, Lars Behrendt, Michael Kühl. Novel Approach for Lifetime-Proportional Luminescence Imaging Using Frame Straddling. ACS sensors (2024).

Flintrop*, Clara, Soeren Ahmerkamp*, Nasrollah Moradi, Isabell Klawonn, Jöran März, Cora Hörstmann, Rainer Kiko, Arzhang Khalili, Hans-Peter Grossart, Xosé A. Álvarez-Salgado, Javíer Arístegui Ruiz, Morten H. Iversen. "Rethinking sinking: Imaging the flow fields of natural marine aggregates to derive sinking velocity." BioRxiv (2023).

Ahmerkamp*, Soeren, Farooq Moin Jalaluddin*, Yuan Cui*, Douglas R. Brumley, Cesar O. Pacherres, Jasmine Berg, Roman Stocker, Marcel M. M. Kuypers, Klaus Koren, Lars Behrendt. “SensPIV: simultaneous visualization of flow fields and oxygen concentrations to unravel metabolic exchange fluxes.” Cell Reports Methods. (2022)

Pacherres*, Cesar O., Soeren Ahmerkamp*, Klaus Koren, Claudio Richter and Moritz Holtappels: “Ciliary flows in corals ventilate target areas of high photosynthetic oxygen production.” Current Biology, 32(19), 4150-4158. (2022) *Shared first author

Ahmerkamp*, Soeren, Bo Liu*, Kolja Kindler*, Joeran Maerz, Roman Stocker, Marcel M. M. Kuypers, and Arzhang Khalili. "Settling of highly porous and impermeable particles in linear stratification: implications for marine aggregates." Journal of Fluid Mechanics 931. (2022)

Karthäuser*, Clarissa, Soeren Ahmerkamp*, Hannah K. Marchant, Laura A. Bristow, Helena Hauss, Morten H. Iversen, Rainer Kiko, Joeran Maerz, Gaute Lavik, and Marcel M. M. Kuypers. "Small sinking particles control anammox rates in the Peruvian oxygen minimum zone." Nature Communications 12, no. 1 (2021): 1-12. *Shared first author

Ahmerkamp, Soeren, Marchant, Hannah, Peng, Chao, Probandt, David, Littmann, Sten, Kuypers, Marcel, & Holtappels, Moritz. "The effect of sediment grain properties and porewater flow on microbial abundance and respiration in permeable sediments." Scientific Reports, 10(1), (2020), 3573.

Ahmerkamp, Soeren, Christian Winter, Knut Krämer, Dirk de Beer, Felix Janssen, Jana Friedrich, Marcel M. M. Kuypers, and Moritz Holtappels. "Regulation of benthic oxygen fluxes in permeable sediments of the coastal ocean." Limnology and Oceanography 62, no. 5 (2017): 1935-1954.

Ahmerkamp, Soeren, Christian Winter, Felix Janssen, Marcel M. M. Kuypers, and Moritz Holtappels. "The impact of bedform migration on benthic oxygen fluxes." Journal of Geophysical Research: Biogeosciences 120, no. 11 (2015): 2229-2242.

Impressionen meiner Wissenschaft